ok, prima di tutto controlla se il nome del tuo file custom è quello giusto !
Se mi ricordo bene (visto che si tratta di gantry 4, in quanto parli di rt-bottom), il file si dovrebbe chiamare gantry-custom.css.
Dunque, in questo file dovresti inserire un istruzione del genere:
#rt-bottom{
height:53px;
}
Anche se non sono d'accordo di impostare un altezza fissa...