non è chiaro il quesito, una cosa sono i template intesi come vestito del sito, mentre per fabrik si intende quel specifico aspetto per le righe o la lista, per il dettaglio o per l'inserimento e la modifica.
ora se la domanda fosse intesta per la prima, no fabrik e un template di joomla sono due cose distinte.
Mentre per la seconda il link parla chiaro, dovrai agire su una copia di quel file personalizzandolo con classi e successivamente intervenendo con i css.
Ora se ti poso dare un cosiglio da chi ha un pò di esperienza in questo campo, se volessi cambiare aspetto alla lista agirei solo nei css sovrascrivendo le regole dettate dal framework bootstrap: una lista è una lista, e quelle poche cose dell'aspetto le cambi semplicemente agendo sui css, magari impostando classi aggiuntive nelle impostazioni di fabrik.
Mentre per le altre viste agirei allo stesso modo della lista per inserimento e modifica (nelle impostazioni ci sono i parametri regolabili se vuoi form a 2 o 3 colonne), quindi passando allla scheda del dettaglio quella che presubilmente andrà adattata al nostro gusto, procederei con una copia del file relativo ricostruendo la gerarchia dei div secondo il mio progetto di "vista dettaglio"