esiste questa estensione, che se pur limitata nella versione free, aiuta molto nello scovare file infetti e fili aggiunti nella nostra installazione di joomla:
http://extensions.joomla.org/extensions/extension/access-a-security/site-security/antivirus-website-protectionla limitazione è data dal fatto che riporta in chiaro i percorsi dei file solo per le prime 4 occorrenze, quindi se un sito avesse una violazionea 5 file, il quinto verrebbe visualizzato senza percorso con il solo nome del file.
la cosa però è limitante solo fino ad un certo punto, in quanto se scaricate i file in locale e effettuate una ricerca di quel file indicato nella lista, vedrete che lo troverete molto facilmente.
L'estensione è molto valida e mi ha aiutato moltissimo a risolvere casi disperati.
Una volta installata, vi chiederà di premere un pulsante per l'invio del nome del sito e della mail collegata all'amministratore (la mail è possibile cambiarla direttamente nella casella ove ve ne fosse necessità).
Una volta inviata la richiesta di creazione account (di questo si tratta in effetti), vi verrà inviata una email con key da inserire nelle opzioni (in alto a dx), dopodiche sarà possibile eseguire un check del sito dove seguirà un report (in inglese) dei file corrotti/aggiunti che non fanno parte di joomla e delle sue estensioni.
Il componente fa anche altre cose ma poichè sono caratteristiche a pagamente non ne parlerò qui.