Ciao xplosion, personalmente i 301 li gestisco sempre da htaccess, detto questo: se non funziona è chiaro che hai sbagliato qualcosa o magari, non credo, potrebbe essere un problema di cache (svuotale tutte, browser e joomla).
per regolarti su cosa reindirizzare e dove controlla che le che pagine inestitenti siano indicizzate o meno, se non lo sono non c'è bisogno di alcun 301, sul dove è OK come ti ha già detto giusebos.