Per il file custom.css bisogna vedere se il template prevede già il richiamo sull'index.php, questo non lo so, devi leggere la documentazione.
Se lo metti in fondo al template.css e, dopo aver fatto il refresh non funziona, significa che non è corretto il css che ti ho scritto.
Sei sicuro di aver fatto il refresh?
Se sì, allora non so che dirti. Dovrei vedere il tuo sito.