succede questo:
filezilla trasferisce un file e ne controlla l'integrità in quanto con il trasferimento il file potrebbe arrivare sul server corrotto (un pò come quando ti spediscono un pacco ed il corriere te lo consegna tutto ammaccato).
All'arrivo del file, filezilla, controlla l'integrità e se rivela che non è perefetto come è stato inviato, lo reinviia con una seconda spedizione: a questo punto una versione (corrotta) di quel file è presente sul server e va sovrascritta per essere sostituita con una integra.
Spesso durante le installazioni di filezilla questi file vengono inviati/spediti con software con non effettuano nessun controllo, quindi succede che poi qualcosa non funzioni o che ci siano degli errori, ma naturalmente dipende da che tipo di file sarà corrotto.