Ciao Rosaria, a parte l'update della versione consigliatissimo...
Devi gestirti le URL dal file web.config che è il corrispettivo di htaccess su linux, chiaramente, come ti suggeriscono i tooltip presenti su joomla non tutte le configurazioni SEF ti funzioneranno.
Scusa se te lo dico: ma perché far girare un CMS in php su hosting linux? non ha molto senso