Ciao aex,
prova ad entrare nel componente JCE > Profili JCE, seleziona un profilo e seleziona il tab Parametri plugin, controlla che in Formato blocchi sia tutto selezionato e comunque Salva.
In questo modo, ho provato su un mio sito, premendo sulle virgolette viene inserito il blockquote e non il <cite>
Poi dipende dal tuo template come verrà formattato in frontend