Ma secondo me anche no, mel senso che google è in grado di capire se un contenuto viene visualizzato solo in base al dispositivo oppure è duplicato , e poi, sinceramente avere un menù duplicato non è il male assoluto, anzi.
Pensa ai siti che hanno contenuti molto grandi che hanno un menù a inizio pagina ed un menù prima del footer in modo di evitare all'utente lo scroll della pagina per tornare verso l'alto.