Non devi copiare e incollare nulla. Ho messo il .php che c'è già nell'index.php per farti vedere, e che dice che se c'è un file user.css lo usi prima degli altri.
Basta fare un file user.css nella cartella del template css e mettere le modifiche personali del css.
Copia template può andar bene, ma poi devi comunque aggiornare la copia, anche nelle parti .php, altrimenti avrai un template non aggiornato.
Con Beez3 non ne hai bisogno, visto che già richiama un file personale.