Non è ancora un anno che frequento Joomla, ma esprimo anch'io la mia opinione.
Nel mio piccolo anch'io preferisco il template "nudo e crudo" rispetto al quickstart, per gli stessi motivi addotti da giusebos.
Semmai do' un'occhiata alle demo dei vari template per farmi un'idea delle funzionalità e delle estensioni integrate, per poi realizzare quello che mi serve e come mi serve.
E naturalmente un attento studio della documentazione del template/framework.
Tra l'altro proprio da un paio di giorni sto provando anch'io Helix 3, e mi sta piacendo molto, direi quanto il T3, altro bellissimo framework.
Per quanto riguarda invece lo sviluppo del sito io lavoro abbastanza anche in locale, facendo tutte le prove del caso,ma utilizzo anche un paio di hosting gratuiti sui quali "smanettare".
Da locale ad online, oltre alla procedura "manuale", uso Akeeba Backup col suo KickStart, e finora problemi non ne ho avuti.