I permessi dei file e delle cartelle si cambiano in genere via FTP (filezilla ad esempio), fermo restando che con Altervista ci sono delle limitazioni.
In ogni caso credo che il tuo sia un problema diverso. Sei sicuro di aver liberato lo spazio web prima di uploadare i file di Joomla ?
Devi cancellare tutto tranne PHP5 e index.wml (che non si può cancellare).
Se l'operazione viene fatta correttamente non dovresti avere alcun problema di permessi sulle cartelle, tranne la session save path che non serve per il corretto funzionamento di Joomla.