Grazie!!!
La soluzione quindi è:
<?php
$db =& JFactory::getDBO();
$query = "UPDATE xcsri_variazioni_mensili AS a
INNER JOIN (
SELECT * FROM xcsri_ana_intranet
) AS b ON a.nominativo=b.nominativo
SET a.codice_fiscale = b.codice_fiscale;";
$db->setQuery($query);
$db->execute();
?>