Il template Beez3 ha già nel suo index.php il "richiamo" ad un file "custom.css":
// Check for a custom CSS file
$userCss = JPATH_SITE . '/templates/' . $this->template . '/css/user.css';
if (file_exists($userCss) && filesize($userCss) > 0)
{
$this->addStyleSheetVersion($this->baseurl . '/templates/' . $this->template . '/css/user.css');
}
Se rinomini il tuo "customMCT.css" in "user.css" tutto dovrebbe funzionare.
Oppure utilizzi la sintassi quotata per richiamare un altro file css, tipo il tuo "customMCT.css"