Se hai joomla 3.7.2 anche sull'altro sito va bene; non saprei se è stato modificato durante le ultime versioni, ma per andare sul sicuro lo prenderei da un joomla 3.7.2 (stessa versione del ricevente).
Una volta copiato assicurati che abbia permessi 644.
Nessuno potrà sapere come mai è stato cancellato..chissà..forse i log lo possono sapere..
Come quel file potrebbe essersi corrotto qualche altro file, bho?
Comunque monitora il sito per comportamenti/errori anomali, magari hai fortuna e il problema era solo quello.