probabilmente è il nuovo server che va in timeout e si disconnette, filezilla prova a ripetere l'operazione ma non riescie a riprendere dove aveva finito e ricomincia da capo, chiedendoti se sovrascrivere o altro, comunque con file grossi cosi ci può stare...!! Ti conviene passarli direttamente da server a server
Prova cosi, i 4 file jpa spostali dalla cartella del dominio principiale tuosito.it/administrator/components/com_akeeba/backup/ e mettili in direttamente su tuosito.it/site-www.viapascolicesena.gov.it-20170814-192139.j01n modo che siano scaricabili da web
Ora carica il contenuto di akeeba kickstart nel nuovo sito, raggiungi il file tuosito.it/kickstart.php e in alto dove dovrebbe visualizzarti il nome del jpa rilevato nella cartella (in questo caso ancora nessuno, cancella quelli falliti da filezilla fino ad adesso), clicca su importa da url, indicando l'indirizzo del jpa 1 (quindi tuosito.it/site-www.viapascolicesena.gov.it-20170814-192139.j01) . Quando termina di importarlo di propone di ricaricare la pagina, fallo e ripeti l'operazione per gli altri file. Una volta fatto su tutti, ricarichi la pagina, selezioni il primo, e procedi con il ripristino