Quando ti bucano un sito non è mai semplice sistemare le cose.
Prima di tutto dovresti trovare la causa analizzando i log di sistema.
Identificata la falla dovresti tapparla.
Quindi dovresti ripulire il sito, prima nei files, cercare eventuali backdoor, comparare file originali con file modificati, cercare codice che è stato aggiunto, poi nel database.
Alla fine hai queste opzioni se non hai un backup pulito:
1- cerchi di ripulirlo da solo
2- ti appoggi a qualcuno che fa questo di mestiere
3- rifai il sito da capo
Non sono belle opzioni, mi spiace!