Quando ti bucano un sito non è mai semplice sistemare le cose.
Dovresti trovare la causa analizzando i log di sistema: purtroppo essendo un hack vecchio dubito esistano i log del 2013...io penso siano entrati da una falla del jce e come immagino tu abbia aggiornato, si spera che la falla di partenza sia stata tappata.
Quindi dovresti ripulire il sito, prima nei files, cercare eventuali backdoor, comparare file originali con file modificati, cercare codice che è stato aggiunto, poi nel database.
Alla fine hai queste opzioni se non hai un backup pulito:
1- cerchi di ripulirlo da solo
2- ti appoggi a qualcuno che fa questo di mestiere
3- rifai il sito da capo
Non sono belle opzioni, mi spiace!