Il nuovo finder di Joomla gonfia a dismisura il database anche a me, tanto che tendo a non usarlo. Sicuramente mi perdo una caratteristica interessante.
Se il finder dice che la tabella ha un problema, prova a diagnosticarlo meglio con Gestione estensioni > controllo del Database. Forse il bottone "Correggi" può aiutarti.
Ho usato in passato una soluzione più brutale per risolvere i problemi delle tabelle _finder semplicemente svuotandole con il gestore PhpMyAdmin. Ovviamente perdi tutti i contenuti dell'indicizzazione del finder, cosa che a me sta bene, dato che non lo uso. Se tenti questa seconda strada prima fai una bel backup del database...