Sarò breve...
Oltre a JCE editor, devi avere installato anche il plugin
JCE MediaBox.
- selezioni la parola/frase sulla quale vuoi attivare il popup (mettiamo "leggi tutto")
- clicchi sul tasto per creare i link
- nella finestra popup che si apre scegli l'articolo che vuoi linkare (lo trovi aprendo la cartella "Content"), e comparirà l'URL relativa nel solito campo URL
- fatto questo selezioni, sempre nella stessa finestra, il tab "Popups"
- trovi il menu a discesa "Popup Type" e qui scegli "JCE MediaBox Popups"
- ora compaiono una serie di opzioni con le quali farai presto a prendere confidenza. Diciamo che, almeno in prima battuta, puoi lasciare tutto come sta, selezionando solo una voce dal menu "Media Type"; nel caso di link ad articoli del sito puoi selezionare "Internal Links".
Direi che così dovrebbe bastare...