hai verificato il valore della colonna "menutype" nella tabella #__menu per i componenti che non sono più visibili?
In quella colonna devi avere il valore "main" per quei componenti.
Controlla anche la colonna "access" e devi avere il valore 1 per quei componenti.
Trovato dove sbagliavo! nella colonna access sulle voci principali dei componenti c'era il valore 4! mentre il menutype era giusto con main!
Metto il risolto e riporto qui la mia procedura:
Nella tabella #__menu ho ricercato tutti componenti che di norma iniziano con com_#
ho controllato e riportato i seguenti valori nelle colonne:
colonna: "menutype" deve essere "main"
colonna: "access" deve essere "1"
Spero possa essere di aiuto a chi si è trovato con un problema simile