Dipende da com'è strutturato il template. Solitamente c'è un container (tabella) principale che contiene tutte le altre, menu laterali, body, etc. In poche parole I menu laterali "si allungano" man mano che inserisci nuovi moduli, stessa cosa per il body. Potresti provare ad impostare nel css a height: 100%; l'altezza dei menu laterali, in modo tale che l'altezza dei menù si regola in base a quanto "si allunga" il container principale.. altrimenti dovresti strutturare proprio diversamente il template.