Molti template permettono l'inserimento di codice direttamente dal backend del template stesso, dove si trova, tra le varie impostazioni, un tab tipo "custom code". Se c'è troverai di certo una sorta di form dove inserire codice nell'head, ma anche nel body, oppure codice css e js personalizzati.
Se il template che usi tu ha questa possibilità sei a posto.
Altrimenti puoi sempre inserirlo direttamente nell'index.php del template, sapendo però che al primo aggiornamento del template (aggiornamneto del template e non di Joomla, a meno che tu non stia usando uno dei template di base dell'installazione di Joomla...) tale file sarà sovrascritto, per cui dovrai reinserire il tuo codice.