Questa è la mia opinione, magari mi sbaglio...difficilmente hai modificato quei files del core, quindi puoi rimpiazzarli senza problemi dall'archivio di joomla, a meno che tu non abbia fatto una customizzazione veramente estrema...
L'altro consiglio è che i backup vanno sempre verificati, perché come ti sei accorto, fare un backup corrotto (senza saperlo) e scaricarlo è (quasi) come non averlo fatto.