Se prendi per assunto che possiedi un template che verrà aggiornato di tanto in tanto, vi sarà il problema che ogni modifica al file o ai file CSS verra azzerata in quanto i nuovi file sovrascriveranno i vecchi facendo perdere definitivamente tutte le modifiche.
Quindi come fare per aggiungere le modifiche desiderate e non perdere nulla ad ogni aggiornamento?
Se copio il template questo non verrà mai aggiornato, quindi non è una soluzione valida al 100%
Tutti i template hanno la possibilità di aggiungere un file css nominato secondo le regole del template stesso: ad esempio protostar acetta un file nominato user.css, molti altri template basati su MVC di joomla accettano custom.css, altri ctemplate che girano su framework hanno un altro naming.
Quindi per rispondere alla tua domanda, basterà fare una ricerca nella documentazione del template che stai usando per sapere come rinominare il file css con le modifiche personalizzate.