Buongiorno,
il sito che "torna come prima" sarà un template non integrato in joomla, quindi non essendo aggiornato non tocca i file già esistenti.
Quando aggiorni joomla anche tutti i suoi templates vengono aggiornati: aggiornati vuol dire che i files vengono sovrascritti: questi files sono files php, css, immagini, etc.
Credo che questo già lo sapevi..
Non vedo come un grosso problema, anzi non lo vedo affatto, sovrascrivere dopo l'aggiornamento il personal.css e la favicon (che ti sarai salvato da qualche parte con le tue modifiche): quanto impiegherai, 30 secondi?Comprensivo del tempo di avviamento del client ftp...
e poi aggiornare per decine di volte per vedere se mi prende nuovamente la copertina e lo sfondo
Aggiornare, inteso come refresh della pagina dal browser, per decine di volte non serve a niente, ti basta cancellare le cache (browser e joomla), cosa tra l'altro consigliata dopo qualsiasi aggiornamento.