Ciao,
sebbene sia stata discutibile, per me, la scelta di aggiungere il suffisso .html, confermo che una volta settato il tutto,
compresa l'aggiunta del dominio nel plugin System - SEF per far comparire nel sorgente il tag canonical, joomla setta per la pagina senza .html il tag canonical senza .html e il tag canonical con .html per la pagina con .html, e questo risulta in un contenuto duplicato.
Probabilmente, la funzionalità del plugin SEF (canonical) si riferisce al solo dominio, ad esempio, inserendo nel settaggio del plugin
http://www.sito.com questo inserisce il tag canonical a
http://www.sito.com ed evita che si crei un contenuto duplicato con ad esempio
http://sito.comCiò vuol dire che la funzionalità del plugin SEF è limitata per il tuo scopo.
L'unica cosa che ti resta da fare è di agire con i redirect, ad esempio, se vuoi tenere il suffisso .html puoi inserire nel tuo .htaccess nella sezione custom redirects, questo codice:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !\.html$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/$
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !index.php
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) /$1.html [R=301,L]
PS: la parte in grassetto in rosso risponde probabilmente alla domanda del tuo titolo