in linea di massima il software più aggiornato e sempre compatibile con joomla dell'ultimo ramo in essere, al massimo e FORSE ti darà degli errori che non influenzeranno il tuo sito....un backup tutto sommato è una copia dei file fatta secondo una serie di criteri, quindi almeno in questa fase non hai nulla da temere.
Della serie: non c'è niente di cui preoccuparsi facendo un backup...