Da quanto scrivi parrebbe che quando in passato avevi realizzato i due siti con Joomla tu avessi utilizzato un "quickstart", vale a dire un "pacchetto completo" che molti sviluppatori di template realizzano e configurano con tutti i contenuti, moduli, estensioni, ecc.
In sostanza un sito (quasi...) "pronto all'uso", che può essere modificato dove serve, come pare avessi fatto tu.
Se tu, invece, installi un template "nudo e crudo", otterrai quello che stai descrivendo: una pagina praticamente "vuota" e un sito da costruire più o meno da zero, che vuol dire creare contenuti, voci di menu, installare estensioni, ecc. ecc.