i vecchi file li togli, altrimenti non è il ripristino di un backup ma la sovrascrittura di un backup....
Cosa molto differente se ci pensi, la prima ti ricostruisce il sito da vecchi salvataggi, la seconda sovrascrive i file esistenti.
Va da se che se in mezzo a questi file c'è anche uno solo extra (buono o meno non importa), questo non verrà sovrascritto e il problema probabilmente non verrà risolto.