nei sistemi unix sai che vi sono permessi tipo le acl di joomla....(non proprio uguali ma per l'esempio puoi fidarti)
Normalmente i file di joomla sono impostati con i permessi a 644 e questo da una certa sicurezza.
nel file configuration è scritto in chiaro la password, il nome utente e il nome del database oltre ad altri dati, quindi questo file, quando viene scritto o sovrascritto da sistema (joomla) viene impostato su 444, in modo che solo il sistema possa leggerlo (o scriverlo), avendo così una sicurezza maggiore e con più restrizioni.
Se qualcuno avesse i dati del atabase di fatto avrebbe le chiavi del sito.
se tu editassi il file a mano e successivamente trasferissi, ti accorgeresti che il sistema rifiuterebbe di sovrascrivere il vecchio file...a meno che tu non cambi a mano i permessi el file da 444 a 644.
Facendo una modifica nel back end di joomla in configurazione, pensa joomla a "sbloccare" il file e a "ribloccarlo" secondo le specifiche.