Hai scelto la strada più difficile. Non c'è una estensione di Joomla che fa il carousel che vuoi?
Se intendi persistere con questo sistema devi dare informazioni più precise:
Un link al sito
Un link al codice che hai inserito, con quello che hai detto bisogna cercarlo ...
Comunque è corretto inserire js in un articolo, facendo attenzione alla posizione che deve avere. Se è destinato a stare nella <head> è facile che non funzioni in altre posizioni.
Joomla carica sempre jQuery. Ulteriori copie dovrebbero essere 'no-conflict'.
Non so come potrebbe interferire sppagebuider. Nel caso migliore è neutro per il javascript, ma ci conterei poco.
Ciao!