Ciao.
Credo che l'operazione si possa risolvere in due modi:
a) Fondere i tre database in un database unico
b) Creare un nuovo sito ex-novo con i contenuti di tutti e tre i siti.
Nel caso a) bisogna lavorare con sql per unificare i contenuti delle diverse tabelle del db. Il problema però si pone nelle relazioni tra le tabelle e nei vincoli di integrità referenziale.
Faccio un esempio:
nella tabella jos_content (in cui sono memorizzati i contenuti del sito) ogni record ha una sua chiave primaria ed è relazionato, ad esempio, con le tabelle jos_categories (relazione 1:1 jos_content.catid -> jos_categories.id ) e jos_sections (relazione 1:1 jos_content.sectionsid -> jos_sections.id).
Ora, dovendo unificare tre tabelle jos_content di tre db diversi, sicuramente cambieranno i riferimenti che ogni tabella
ha verso le tabelle jos_categories e jos_sections.
Facciamo chiarezza con un esempio:
Questo è il DB1
Tabella jos_content
id | title | sectionsid | catid |
1 | Microsoft dichiara bancarotta | 1 | 1 |
2 | Zio Bill va alla guerra | 2 | 2 |
2 | La grande mela marcisce | 2 | 2 |
3 | La volpe è l'uva | 3 | 4 |
Tabella jos_sections
id | title |
1 | Notizie |
2 | Racconti |
3 | Favole |
Tabella jos_categories
id | title | section |
1 | Ultime Notizie | 1 |
2 | Storie fantastiche | 2 |
3 | Vita da Programmatore | 2 |
4 | Esopo | 3 |
5 | Le mille e una notte | 3 |
Questo è il DB2
Tabella jos_content
id | title | sectionsid | catid |
1 | Memorie con chip biotecnologico | 1 | 1 |
2 | Guida SQL standard | 2 | 2 |
2 | Esempio di classe PHP | 3 | 4 |
3 | Manuale PHP | 2 | 3 |
Tabella jos_sections
id | title |
1 | Notizie |
2 | Linguaggi |
3 | Sviluppo |
Tabella jos_categories
id | title | section |
1 | Ultime Notizie | 1 |
2 | SQL | 2 |
3 | PHP | 2 |
4 | Classi PHP | 3 |
Se non ho commesso errori prova a seguire le corrispondenze di sezione e categoria per ogni contenuto.
Poi prova, a mano e sulla carta, a creare una nuova tabella fondendo quelle sopra descritte.
Vedrai che cosa succede!!

Se sei riuscito ad afferrare la complicazione... la prima soluzione risulta... un bagno di sangue!

Resta quindi la seconda: Rifare tutto ex-novo creando un nuovo sito joomla e trasferendo pian piano e con tanta pasienza i contenuti dei tre siti.
Ti assicuro che fai prima che non ad applicare la prima soluzione

Ciao