Non credo sia un problema di conflitti, ma un "comportamento" strutturale del template.
Uso Helix Ultimate da quando č uscito (anzi dalla prima versione di prova) e ha sempre mostrato questo comportamento con le icone.
Ho letto qualcosa in merito nel forum di JoomShaper, e, oggi come oggi, non credo ci sia una soluzione.
Tra l'altro le icone accanto alle voci di menu (ma anche i Badge) del tuo sito (ma anche nei miei siti) scompaiono anche riducendo la finestra del browser o usanto il tool "visualizzazione flessibile" di Firefox, ad esempio.
P.S. Dando un'occhiata al sito che hai linkato ho notato un comportamento "anomalo" dell'immagine che hai usato per il logo: nell'intervallo tra i 768px e i 991px il logo si "allarga" coprendo quasi completamente le icone social nella parte superiore dell'header, e pure il modulo breadcrumb che sta sotto l'header.
Sotto i 768px l'immagine del logo ha lo stesso problema, ma molto meno evidente, e la visualizzazione rientra nella norma (vale a dire entro l'altezza dell'header) dai 478px in gių.