Salve! Tutte le pagine sono tornate a funzionare. C'erano due istanze di un modulo chiamato "contact us" che puntavano ad un contatto cancellato. disabilitando i moduli il sito ha tornato a funzionare. E' per questo che nelle varie pagine, accanto a "Errore 404", c'era scritto "contatto non trovato"
Poi sono entrato nel modulo contact us, e ho provato a cancellare il contatto inesistente e l'ho fatto puntare ad un nuovo contatto esistente, ed anche questo ha funzionato.
Incredibile che un errore così piccolo abbia fatto sparire l'intero sito!
Affinché questo topic risulti più utile, preciso che il modulo si chiama "Joomlabamboo Contact", ed anche il template è di Joomlabamboo.
Grazie per il supporto!