Ah bè, se devi ingranare...
Per inserire codice html nei moduli ti crei un nuovo modulo, in Moduli Sito, e nel box dei contenuti inserisci il codice html usando l'html editor (ti consiglio di usare l'editor JCE per inserire i contenuti). Poi pubblichi il modulo e lo posizioni dove vuoi, in genere in posizione left o right.
Se non hai JCE e hai difficoltà ad inserire i codici html (ma sono proprio html ?) allora puoi fare così. In gestioni utenti seleziona te stesso e abilita Nessun editor WySIWIG. Salva, esci dal pannello di controllo, rientra in Joomla amministrazione, crea il modulo, e troverai un box senza icone, dove devi inserire i contenuti solo con i tag html.
Per i moduli suppongo ti riferisci alle estensioni. Dipende da cosa ci devi fare col sito.
Io metterei subito JCE come editor, JoomlaPack per fare il backup del sito (la sicurezza è la prima cosa), il resto dipende da te.
Docman è ottimo per la gestione dei file, per gli articoli e le categorie basta Joomla.
Per togliere alcuni moduli dal template basta che vai in moduli sito e li de-pubblichi.