Mi sembra che tutto sia ok.
Non vedi l'elemento caricato sul lato pubblico perchè al momento dell'inserimento non hai spuntato, giustamente, l'opzione di pubblicazione, per cui non è visibile sul lato pubblico fra gli atti pubblicati.
Non essendo pubblicato il sistema non ha ancora assegnato l'anno di pubblicazione e quindi non è visibile nella funzione Pulizia archivi.
Tutto ciò a questo punto è un bene perchè andando in Modifica elementi -> Atti e allegati potrai modificare l'atto come vuoi con i nuovi valori reali e procedere quando tutto sarà ok alla pubblicazione dell'atto.
A quel punto apparirà sul lato pubblico fra gli atti in corso di pubblicazione ed al termine della pubblicazione passerà automaticamente nell'archivio atti pubblicati.
Tutto ciò insegna, come consigliato nelle istruzioni, di inserire gli atti senza opzione di pubblicazione per poi poterli controllare con la funzione Modifica Atti allegati e pubblicarli da li dopo la verifica che tutto sia ok. Ricordo infatti che un atto pubblicato, ai sensi delle norme vigenti, non è più modificabile.