Domanda interessante... In verità con Protostar (ma anche con altri template...) non credo ci siano vie per nascondere in toto una colonna a certe risoluzioni, o spostarla a destra (magari si può intervenendo sul codice php del template, ma è molto oltre le mie conoscenze e capacità attuali).
Dopo questa "inutile" premessa, una soluzione molto rapida per nascondere i moduli nella colonna di sx è quella di applicare le classi visible/hidden di Bootstrap 2 (il framework sul quale è strutturato Protostar), classi che devi inserire nel menu avanzate di ciascun modulo alla voce
Suffisso classe CSS modulo.
In realtà, con la stessa tecnica si potrebbe anche "spostarli" nella colonna di dx: si fa una copia di ciascun modulo della colonna di sinistra assegnandoli come posizione la colonna di destra, ma rendendoli "invisibili" (classi hidden) fino a che la visualizzazione non passa a quella mobile. Così facendo detti moduli "appariranno"da smartphone a destra, cioè ben incolonnati sotto l'articolo come tu vorresti
Se i moduli sono pochi, come nel tuo sito, è un'operazione che si può fare in pochissimo tempo: più lunga da scrivere qui che da fare in pratica.
Ovviamente è un escamotage e se qualcuno ha soluzioni più intelligenti si faccia avanti!