Certo, puoi provare, anche se rinominare la cartella via ftp equivale a disabilitare l'estensione, quindi secondo me avrai lo stesso errore.
Io non riesco a riprodurre il tuo problema, con i passi che ho scritto riesco ad aggiornare sia joomla che seblod senza errori.
Non vorrei che avessi il database corrotto in partenza, che il fixer non riesce a correggere..