Ciao,
come ha scritto giustamente tomtomeight, un sottodominio puoi paragonarlo ad un dominio che "vive di vita propria".
Fa conto che "quello" sia il tuo dominio principale e devi settare tutte le impostazioni corrette per quel dominio.
Di conseguenza il file .htaccess va messo nella root in cui ci sono tutti i files del sottodominio e non mescolare dominio principale + sottodominio.
Te lo scrivo per esperienza personale.
Sono due cose distinte e separate.
Saluti