Buongiorno a tutti,
ciao Andrea
potrebbe dipendere da come hai impostato le categorie, gli articoli ad esse associate.
Se hai usato un template già con ID di menu assegnati, se hai cambiato solo il nome delle Categorie, se hai cambiato il titolo agli articoli ed hai scritto solo il nuovo testo... le variabili possono essere tante.
Non capisco come mai in una url che hai postato appare /index.php e nell'altra no.
Hai configurato nell'area di amministrazione le url seo?
Hai eliminato, sempre da amministrazione, l'id degli articoli?
Da come hai scritto tu, non si capisce molto.
Prova a rivedere i passaggi che hai fatto ed eventualmente riscrivi se ti appare ancora la url duplicata.
Saluti
Floyd