Già, ti eri spiegato male,
eh si, se li fai on line.
perchè non ti installi joomla anche in locale allora?
così una volta finite le modifiche carichi tutto via ftp (senza il configuration.php) e sei a posto.
Di certo ci saranno diverse modifiche da fare, a meno che non sia quaisi identico.
dovrai modificare il css, il php se mancano sei blocchi ecc....
il mio consiglio e di farlo in locale.
qui trovi le guide per tutto quello che ti serve.
ciao.