Il menu orizzontale e quello verticale sono legati perchè fanno riferimento allo stesso menu (probabilmente quello nativo mainmenu). Vai in Amministrazione, nella voce Menu seleziona il menu (comune ai due, probabilmente come dicevo mainmenu), fanne una copia (chiamalo per esempio mainmenu2), togli le voci che non vuoi far apparire. Fai puntare i moduli che contegono il menu orizzontale e quello verticale rispettivamente al menu copia (ridotta, mainmenu2) e a quello originale (mainmenu).
Sembra un pò complicato, ma è più difficile a spiegarsi che a farlo. E' tutto.