Ciao,
se scegli un qualsiasi sistema di pagamento noterai che è legato ad una categoria di utenti. Nella mia versione di VirtueMart il gruppo predefinito di utenti si chiama "-default-".
Quindi nel tuo caso hai impostato, per gli utenti predefiniti, la proprietà "Mostra prezzi IVA inclusa" su SI.
Allora, ammesso che tu voglia far pagare 5 euro il contrassegno, prova ad inserire, nella modalità di pagamento corrispondente, il valore 5 euro decurtato dell'iva, cioè: -4.17 in questo caso ti addebiterà una sovratassa di circa 5 euro per il contrassegno.