Il messaggio di Google è abbastanza chiaro direi:
Abbiamo rilevato che la tua pagina di errore 404 (file non trovato) restituisce lo stato 200 (Riuscito) nell'intestazione.
Quindi significa che se google cerca un file non presente sul tuo sito, invece che ritrovarsi un errore 404 dal server web ( file non trovata) il server restituisce un codice 200 (Riuscito).
A farla breve se tu inserisci l'intirizzo tuosito.ext/filechenonesiste.htm, banalmente ti apparirà l'homepage, banalmente questo è il comportamento di quasi tutti i componenti di url rewrite nella configurazione di base.
Modifica la configurazione in modo adeguato.