E' vero e mi scuso per non avere visto la cosa da quel punto di vista.
Il codice che ho eliminato e' questo, ovviamente nel file index.php:
<div id="top_outer">
<div id="top_inner">
<?php
if ( mosCountModules( 'top' ) ) {
mosLoadModules ( 'top', -2 );
} else {
?>
<span class="error">Top Module Empty</span>
<?php
}
?>
</div>
</div>
E poi nel template_css.css nella sezione header ho portato le dimensioni del logo a 800 perche' e' la larghezza perfetta per il template e a 200 l'altezza ma quest'ultima si puo' settare a piacere.
Scusate ancora.

Ciao