Premessa doverosa: prima di ogni tentativo di integrazione fai ovviamente backup dei file del sito e del DB, perche' non si sa mai...
Quanto all'integrazione, non e' che comporti chissa' quale "contaminazione" del sito originario: per SMF ti vengono chiesti i dati del database di joomla semplicemente perche' il db del forum andra' a condividere lo stesso spazio fisico del db del sito, ma tutte le sue tabelle potranno essere ben distinte specificandone un diverso prefisso (tipicamente quelle di joomla hanno prefisso jos_, mentre quello del forum sara' smf_, ad esempio). Per quanto riguarda i file invece, il bridge di Joomlahacks (anche a mio avviso il migliore) agisce in concreto solo su un paio di file, uno di joomla e uno di smf, quindi se hai fatto un backup totale prima o anche solo di questi file, poi ripristinare tutto in caso di ogni problema e' cosa immediata...
"INTEGRARE" non significa unire forum e sito in maniera indissolubile e potenzialmente dannosa...
Significa permettere al forum di condividere strutture dati gia' presenti sul sito, come registrazioni/iscrizioni utenti, moduli di login/logout, messaggeria privata ecc ecc, senza doverne usare altri, doppioni, per il forum stesso...