metodi per fare pulizia ce ne sono diversi.... anche se non siamo sotto Win
Per il tuo problema consiglierei:svuota cestino! (probabilmente è questo) e poi magari un "sistema->controllo globale"
Invece in termini generali è sempre buona regola, di tanto in tanto, ottimizzare le tabelle da phpMyAdmin, basta aprirlo, selezionare il db, selezionare tutte le tabelle e poi selezionare dal menu a tendina "ottimizza tabella".
ATTENZIONE: questo comanda non richiede conferme (perchè è innocuo) se vi esce una scritta di confermare
LASCIATE STARE avete sbagliato comando e magari state cancellando tutto