fondalmentalmente devi creare la struttura html che poi vai a riempire coi moduli e con i contenuti.
Per richiamarli non devi fare altro che usare la funzione mosLoadModules('posizione', modo )
Il modo può avere valori:
0: valore di default, i moduli sono visualizzati in una colonna
1: messi in orizzontale
-1: messi in verticale, come riga di una tabella
-2: visualizzati nel formato Xjoomla (che non so che è Smiley)
-3: i moduli sono visualizzati in un formato che permette ad esempio gli angoli arrotondati.
(dal devbook)
quindi se ne vuoi due affiancati hai a disposizione varie possibilità: due <td> affiancati, due <div> col css...
per quanto riguarda la dimensione dei moduli quello può anche dipendere dal contenuto del modulo stesso, e non sempre ci puoi fare molto