io prima di tutto consiglierei di utilizzare l'ultima versione stabile di joomla..
L'aggiornamento è stato fatto ma senza risultati.
secondo identificare esattamente qual'è il sito che causa questo utilizzo spaventoso di mysql
Il sito è stato individuato, l'ho anche segnalato in un precedente post.
terzo devi fare un'analisi delle slow query di mysql, per capire quali sono le query lente e ottimizzarle
Non molto tempo fà preferivo usare il mio bel Dreamwever per crearmi siti dinamici, poi ho provato MaxDev ed in fine Joomla.
Adesso quasi tutti i siti li baso su joomla, è molto più comodo anche se sto cercando di imparare a farmi template miei.
Non è proprio semplicissimo come sembra a prima vista.
Di conseguenza non conosco benissimo Joomla, non so bene dove andare a cercare i file che fanno query....è chiaro che è qualcosa che non va in qualche query.
Con il mio cliente (webmaster del sito), facendo prove e riprove abbiamo spogliato il sito da ogni modulo, mambot e component. In fine con il comando "SHOW PROCESSLIST \G" sotto shell di mysql mi sono accorto che si bloccava su una delle tabelle jos_fb_...non ricordo di preciso.
Cancellando manualmente i file sotto component e le tabelle di Firebord la CPU è scesa a 3 - 4%.
Infatti guardando il grafico "
http://ns.neoblu.it/munin/localhost/localhost-cpu.html" (Grazie a Luca ho scoperto questo bel tools) il server lavora bene!
mi permetto di segnalarti le slides che ha presentato carlo al joomladay, che parlano di come ottimizzare le tabelle e di come tabelle senza indici possono provocare problemi analoghi al tuo.
male non puo' fare leggerle 
http://joomlahost.wordpress.com
Infatti non fa mai male documentarsi, grazie della segnalazione.
Ciao e ringrazio tutti per i consigli che mi sono stati dati.
Michele